Sigmund Freud mengatakan bahwa ajaran agama tidak pantas dipercayai karena tidak bisa dibuktikan secara ilmiah. Agama adalah kebiasaan-kebiasaan para penganutnya dalam menggambarkan perasaan dan intuisi persoalan mereka belaka. Oleh karena itu, tidak semestinya memberikan kepercayaan kepada agama, walaupun ajaran-ajarannya memang bisa melayani kemanusiaan di masa lalu. (Pals Daniel L., Seven Theories of Religion, hal. 76).
Freud mengaku tidak menemukan satu pun alasan untuk percaya kepada Tuhan, sehingga ia menganggap ritual keagamaan tidak punya arti dan manfaat apa pun dalam kehidupan ini. Baginya orang yang beragama dan pasien neurotis memiliki kemiripan-kemiripan. Misalnya, keduanya sama-sama menekankan bentuk seremonial dalam melakukan sesuatu. Mereka akan merasa bersalah seandainya tidak melakukan ritual-ritual tersebut dengan sempurna. Karenanya menurut Freud, segala macam perilaku agama selalu ada kemiripan dengan penyakit jiwa.
Atas dasar inilah Freud menganggap agama sebagai ilusi, penganutnya mengidap neurosis dan bersifat infantilis. Agama adalah sesuatu yang sia-sia, tidak berguna, dan merusak perkembangan kepribadian manusia karena keyakinan beragama hanya merupakan proses sublimasi dari konflik yang terjadi pada masa kanak-kanak antara orangtua dan anak yang disebutnya sebagai fenomena Oedipus Complex. Secara singkat, Freud menggunakan istilah itu untuk merujuk pada tahap perkembangan anak laki-laki. Dia berasumsi bahwa dalam perkembangan awal, sekitar usia lima tahun anak-anak ingin memiliki seluruh cinta ibu mereka. Dengan demikian, kecemburuan menyebabkan mereka membenci dan bahkan secara tidak sadar mengharapkan kematian ayah mereka. (Interpretation of Dream, 3rd edition. Translation in English: Brill A A .Macmillan. New York.).
Pemikiran Freud ini menimbulkan kontroversi. Sebagian ilmuwan mengamini konsep tersebut dan sebagian menolaknya dengan tegas. Hasil penelitian modern menunjukkan bahwa terdapat kekeliruan dalam konsep Freud. Hal ini karena di masa Freud, ilmu kedokteran, biologi dan peralatan modern tes biologis belum se-modern hari ini. Ketika Freud membagi otak manusia menjadi tiga tingkat, ia memiliki sedikit kesempatan untuk menemukan bukti yang andal dan terdiagnosis tentang pembentukan dan fungsi otak. Akibatnya dia harus bergantung pada imajinasi dan anggapannya untuk pembagian ini. Misalnya Freud sepenuhnya bergantung pada hipnotisme untuk pengobatan histeria. Hipnotisme ini memang bukan obat ilmiah yang diresepkan oleh ilmu kedokteran melainkan digunakan oleh tukang sihir, pawang, dan mereka yang mengobati dengan jimat dan obat dukun (Moulana Mohammad Abdur Rahim, Philosophical Ground of Western Civilization:63-98).
Karena Freud dibimbing oleh metode tak ilmiah untuk psikoanalisis dan teori seksnya, para Freudian hampir kehilangan nilai dan rasionalitasnya bagi psikolog modern. Bahkan beberapa ahli teori tidak menggunakan konsep sama sekaliā,(Dr. C George Boeree, Personality Theories e-text book).
Selain itu Freud melakukan penelitian pada pasien yang minim agamanya bahkan primitif. Freud tidak pernah menyentuh orang yang terkenal agamis dan ilmuwan seperti Pascal Reinhold Neibuhr, William Temple, Karel Barth yang sezaman dengannya. (H. M. Rasjidi, Filsafat Agama, hal. 129).
Berdasarkan hal ini jelaslah bahwa dari sisi metodologis, ini merupakan titik lemah penarikan inferensi pandangan Freud mengenai agama. Freud hanya meneliti pasien-pasien yang menderita penyakit mental atau pasien yang mengalami kegoncangan jiwa seperti frustrasi, anxiety, depresi, neurosis, dan psikotik. Generalisasi yang ditarik dari hasil pengamatannya terhadap orang-orang yang mengalami gangguan mental menyebabkan Freud berkesimpulan bahwa agama adalah ilusi dan neurosis yang mengancam kehidupan manusia.
Metode yang ditempuh Freud dalam menarik konklusi ini sangat naif, sederhana, dan spekulatif berdasarkan hasil renungannya. Kesimpulannya belum didasarkan pada premis yang valid, karena hanya mewakili orang yang sakit dan penuh konflik.
Mungkin karena alasan itulah menurut Moulana Mohammad Abdur Rahim , pengikut Freud yaitu Joseph Jastrow mengatakan bahwa Oedipus Complex-nya Freud adalah konsep yang tidak senonoh dan tidak memadai. Tidak mungkin menemukan akar atau asal usul klaim ini. Setelah diteliti terus-menerus, ternyata konsep tersebut tidak lain adalah konsekuensi dari psikoanalisis imajinatif Freud berdasarkan anggapan pribadinya yang tidak memiliki bukti.
Selain itu teori Freud tentang agama jika diverifikasi, akan sangat bertentangan dengan realitas empiris. Pernyataan Freud bahwa agama adalah ilusi, penganutnya mengidap neurosis dan infantilis tidak terbukti sebab agama pada hakekatnya merupakan satu realitas yang membangun kemanusiaan dengan bukti-bukti kuat yang terlihat dalam sejarah peradaban manusia. Terbangunnya peradaban tersebut didorong oleh motivasi beragama dari manusia-manusia yang mempunyai appresiasi agama yang intens. Lahirnya karya-karya besar dan agung di dunia seperti istana a-Hambra, Candi Borobudor dan lain-lain bukan hasil dari orang yang menderita penyakit neurosis, tetapi karya orang-orang beragama yang hebat.
Bukti empiris sejarah ini menolak anggapan Freud bahwa agama merupakan hal yang sia-sia dalam kehidupan manusia. Karenanya, pernyataan Freud mengenai agama sebagai ilusi dan sia-sia, hanya berisi pepesan kosong dan tidak sesuai dengan fakta. (Bahrul Ulum

